An der Spitze der Geschäftsstelle steht die Geschäftsführung (Hauptgeschäftsführer, Geschäftsführender Arzt).

Desweiteren gliedert sich die Geschäftsstelle in die Ressorts:
 Ressort 1: Finanzen und Verwaltung
Ressort 2: Fortbildung
Ressort 3: Aus- und Weiterbildung
Ressort 4: Qualitätssicherung
Ressort 5: Recht
Ressort 6: Technologie und Infrastruktur

Hinzu kommen die

  Kommunikation der Ärztekammer Westfalen-Lippe, die das Westfälische Ärzteblatt als offizielles Mitteilungsorgan der Ärztekammer Westfalen-Lippe redaktionell und technisch betreut

die im Ressort Recht angesiedelte Gutachterkommission für Arzthaftpflichtfragen der Ärztekammer Westfalen-Lippe,

die gemeinsam mit der Kassenärztlichen Vereinigung Westfalen-Lippe betriebene Patientenberatung Westfalen-Lippe

das der Stabsstelle für Planung und Entwicklung zugeordnete Organisationsbüro Fachsprachenprüfung und Kenntnisprüfung

sowie die Ethik-Kommission der Ärztekammer Westfalen-Lippe und der Westfälischen Wilhelms-Universität.